<nav id="ugooe"><code id="ugooe"></code></nav><input id="ugooe"></input>
  • <xmp id="ugooe"><optgroup id="ugooe"></optgroup>
  • <menu id="ugooe"><nav id="ugooe"></nav></menu>

    北京基因組所(國家生物信息中心)合作開發新冠病毒基因組瀏覽器

      120日,中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)與中國科學院上海營養與健康研究所合作開發的新冠病毒基因組瀏覽器成果,以“Coronavirus GenBrowser for monitoring the transmission and evolution of SARS-CoV-2”為題在國際學術期刊Briefings in Bioinformatics 在線發表。 

      病毒演化關系及傳播鏈條推演在疫情防控與病毒溯源中具有重要意義,隨著新冠疫情的不斷發展及新冠病毒基因組序列數量的快速增長,基于百萬級病毒基因組數據的演化分析與展示變得極其困難。為此,中科院北京基因組所(國家生物信息中心)國家基因組科學數據中心趙文明團隊和營養與健康所李海鵬、張國慶團隊合作開發了Coronavirus GenBrowser(CGB)?;诜植际交蚪M序列比對,CGB采用自主開發的超快構樹新方法進行進化樹構建,并基于超快速極大似然法估算內節點時間,解決了快速構建百萬病毒基因組序列的進化關系與可視化展示的關鍵問題。在撰寫論文之前,CGB已于20208月正式上線并持續提供在線服務。 

      CGB是一個開放訪問和下載的新冠基因組演化可視化工具,采取質控后的高質量新冠基因組序列數據以及傳播相關的元數據構造了百萬級別的進化樹。同時,基于CGB特有的帶有突變和日期注釋的樹結構,新產生的新冠病毒基因組序列可以超快速并準確地添加到進化樹上形成新的進化樹。CGB還提供基于樹結構的基因組變異可視化展示。CGB用戶界面友好,用戶可以選擇節點并高效地對進化樹進行細節可視化和進一步分析,并且無需任何編程。CGB同時也提供了下游分析功能,包括變異分析、譜系追蹤、檢測分支特異的加速進化以及病毒變異正選擇等功能。目前CGB核心數據文件僅24.6Mb,卻包含了2.79百萬新冠病毒全基因組變異及其元數據。通過團隊持續排查元數據中可能包含的錯誤,CGB的數據接口提供了非??煽康臄祿?。通過CGB雙命名法,其1.15百萬內枝均得以準確命名,并實現可搜索和查詢。 

      為了便于用戶使用和操作,CGB提供web版本,支持九種語言,同時提供war包供下載和在任何網站中遷移使用。為方便使用CGB的所有功能,推薦使用單機版(http://www.egps-software.net/egpscloud/eGPS_Desktop.html)。開發團隊將進一步開發CGB 2.0,致力提供千萬、乃至億基因組級別的新冠病毒進化和傳播分析,為國內、全球的防疫防控提供有力支持。 

      這一工作得到國家重點研發計劃和中科院戰略性先導科技專項的支持。 

    新冠病毒基因組瀏覽器的用戶界面和操作示意

    附件下載:
    把她翻过去扒开内裤强行
    <nav id="ugooe"><code id="ugooe"></code></nav><input id="ugooe"></input>
  • <xmp id="ugooe"><optgroup id="ugooe"></optgroup>
  • <menu id="ugooe"><nav id="ugooe"></nav></menu>