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    國家基因組科學數據中心成立三周年

      201965日科技部、財政部聯合發布了國家科技資源共享服務平臺名單,其中依托中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)成立國家基因組科學數據中心(National Genomics Data Center,NGDC)。NGDC運行三年來,在主管部門、專家顧問的指導以及依托單位、共建單位與合作伙伴的支持下,面向我國人口健康和社會可持續發展的重大戰略需求,取得系列重要進展和成果,為國家基因組科學數據的歸檔共享、安全管理和挖掘利用提供了重要支撐,入選國家“十三五”科技創新成就,榮獲“全國科技系統抗擊新冠肺炎疫情先進集體”。 

      建成多組學數據資源體系,躋身全球生物數據中心 

      生命健康大數據是關系到國家人口健康和生物安全的重要基礎資源。針對我國組學數據存、管、用的實際需求,NGDC持續升級更新數據資源,從2019年初的15個數據模塊擴展到目前的9大數據類型63個數據庫,建成具有自主知識產權、安全可控、涵蓋國家人類遺傳資源和重要戰略生物資源的多組學數據匯交、存儲和共享體系,形成“數據—信息—知識”一體化資源系統。 

      20196月至今,NGDC在國際權威期刊《核酸研究》發表論文19篇,被該刊稱為與美國國家生物技術信息中心(NCBI)、歐洲生物信息學研究所(EBI)并列的全球主要生物數據中心。 

       NGDC建成多組學數據資源體系 

      建設組學數據管理體系,保障數據安全 

      在生命科學研究領域,研究者獲得的組學數據,均需上傳到學界及學術期刊認可的專業數據庫。由于國內缺乏生命健康大數據管理公共平臺,我國學者大部分的組學數據都遞交到國際核酸序列數據庫聯盟(INSDC)的三大數據庫。為此,NGDC開發了國內首個組學原始數據匯交、存儲、管理與共享平臺——組學原始數據歸檔庫(GSA),以及人類遺傳資源組學原始數據歸檔庫(GSA-Human)和多元數據歸檔庫(OMIX),形成了組學原始數據管理體系(GSA Family),被Springer Nature、Elsevier、Wiley、Taylor & FrancisCell等國際著名出版機構推薦為核酸數據存儲和共享系統,獲得了生命醫學領域內主流期刊認可。目前GSA數據庫體系已累計支撐科技人員在300種期刊發表研究論文1018篇,為解決長期以來我國生物組學數據匯交共享嚴重依賴國際數據庫發揮了重要作用。 

      截至202265日,GSA數據庫體系已接收國家重點研發計劃、國家自然科學基金、中科院戰略先導專項等資助的5423個科技項目數據匯交,來自563家單位2605個用戶,匯交數據量從2019年同期的1.37 PB增長到13.99 PB。同時,GSA已完成與美國NCBI序列片段歸檔庫(SRA)的元數據整合,實現了相關數據資源在NGDC網站的一站式檢索與訪問,極大提升了國內科研人員查詢和獲取數據的效率。 

      GSA數據庫體系已匯交數據量達14PB 

      創建新冠病毒信息庫,服務全球新冠防控 

      NGDC2020122日率先發布“2019新冠病毒信息庫”(RCoV19)并持續更新,同時依托NGDC的基因組數據庫(GWH)與NCBI初步建立了新冠基因組序列交換共享機制。截至202265日,RCoV19已收錄新冠病毒序列1100多萬條,為全球181個國家和地區178萬余名訪客提供數據服務,累計數據下載超54億條,為中國—世衛組織新冠病毒聯合溯源研究提供基因組及其變異數據分析支撐,在病毒溯源、監測、變異演化分析等方面發揮了重要作用,入選2020年度中國生物信息學十大進展、2021年度中科院科技創新亮點成果。202112NGDC被科技部授予“全國科技系統抗擊新冠肺炎疫情先進集體”稱號。 

       NGDC榮獲“全國科技系統抗擊新冠肺炎疫情先進集體”稱號 

      開發生物信息分析平臺,服務用戶需求 

      根據生命科學領域用戶需求,NGDC近期開發了生物信息在線分析平臺(BIT),由數據可視化、序列比對、基因表達、表觀遺傳、基因組構成和新冠序列分析六個專題構成,部署了生物信息領域使用最多的BLAST在線工具。BIT將持續收集研究人員的分析需求和建議,集成更多專業化數據分析工具,不斷優化分析流程和運行參數,為用戶提供持續穩定、方便易用的在線數據分析、挖掘服務。 

       NGDC發布生物信息分析平臺 

      拓展國內外合作交流,促進開放共享 

      NGDC積極開展與INSDC的合作交流,多次應邀參加INSDC年會并做報告,推進生物大數據國際合作共享,提升我國在該領域的影響力。通過跨庫搜索引擎BIG Search,實現了NCBI、EBI和國內10余家合作伙伴的數十個相關數據資源在NGDC網站的一站式檢索與訪問。目前針對數據交換和存儲機制正在進一步推進與INSDC的合作。 

       20225月在線參加INSDC年會 

      為促進全球生物多樣性與健康大數據開放共享,NGDC在國際生物科學聯合會(IUBS)和“一帶一路”國際科學組織聯盟(ANSO)的支持下,聯合巴基斯坦、俄羅斯、沙特、泰國4家學術機構發起成立了國際生物多樣性與健康大數據聯盟(BHBD)。目前BHBD成員單位達到28個,來自亞洲、歐洲、南美和非洲的12個國家,已合作發表論文10余篇,培訓國外科技人員200多人次。NGDC與巴基斯坦NIH/真納大學共同開展新冠病毒基因組測序及演化分析,并與巴西、俄羅斯、印度、南非相關科研機構聯合申報獲得金磚國家新冠病毒合作研究項目。 

       20197月在巴基斯坦舉辦國際生物多樣性與健康大數據研討會 

      加強團隊建設,助力人才成長 

      在做好科研工作的同時,NGDC還不斷加強人才隊伍建設,通過會議交流、技能培訓、實踐鍛煉等多種形式為青年人才成長提供廣闊舞臺。近三年來,NGDC培養晉升研究員1名、高級工程師3名、海外引進研究員1名,1人入選國家萬人計劃青年拔尖人才,3人入選中科院關鍵技術人才,1人榮獲中科院青促會優秀會員,2人入選中科院青促會會員,1人入選北京市科技新星,研究生獲國家獎學金9人次、北京市高校優秀畢業生2人次。NGDC人才團隊建設取得豐碩成果,體現了“國家隊、國家人”的良好風貌,為承擔“國家事、國家責”奠定了堅實基礎。 

       2021年度NGDC人才榮譽榜 

      作為國家生物信息中心(CNCB)的重要組成,NGDC持續貫徹落實國家科技發展戰略和重大任務需求,提升數據安全、數據處理、存儲和檢索等核心技術,研發生物信息大數據關鍵核心算法和軟件,增強服務能力和國際影響力,存好、管好、用好科學數據資源,建設支撐我國生命科學發展、國際知名的基因組科學數據中心。 

     

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