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    北京基因組所(國家生物信息中心)猴痘病毒基因組信息庫MPoxVR取得進展

      1970年在剛果民主共和國發現首例猴痘病毒感染者以來,猴痘疫情先后多次在中西非國家爆發。自2022年5月至今,多個非流行區國家出現猴痘疫情。7月23日,世界衛生組織(WHO)報道已有75個國家和地區報告16,000余個病例,并將其宣布為國際關注的公共衛生緊急事件(PHEIC)。為支撐猴痘病毒相關研究,幫助國內外預防和應對猴痘疫情的爆發,中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)組建猴痘研究工作組,于6月10日發布猴痘病毒資源庫MPoxVR。

      8月1日,北京基因組所宋述慧研究員和鮑一明研究員受邀在國際學術期刊The Innovation 在線發表題為“MPoxVR – A comprehensive genomic resource for monkeypox virus variants surveillance”的評論文章,系統比較并介紹了猴痘病毒信息庫MPoxVR的數據資源及特色功能。

      MPoxVR收錄整合了迄今為止來自GenBank的777條猴痘病毒和12,065條其它痘病毒科的基因組序列及其對應元信息,并通過人工審編補充了部分序列中缺失的元信息,如宿主、采樣日期和采樣地點等,為研究人員開展基于序列的比較、傳播演化分析等提供了基礎數據資源。

      MPoxVR還提供了豐富的基因組變異和功能注釋信息,變異數據提示,采樣自2022年5月疫情爆發以來的序列突變較少,大部分序列的SNP變異數量范圍為0-11個,重要功能基因如免疫逃逸、宿主范圍、細胞增殖、抗病毒藥靶等的突變發生率較低,核酸檢測的引物結合區尚未發生新的變異。猴痘病毒的變異信息可為其傳播鏈追蹤、溯源、疫情防控和疾病治療等提供重要的數據信息與決策支撐。此外,MPoxVR還開發了四個重要的在線分析工具,包括基因組注釋、基因組變異鑒定、變異功能注釋和序列相似性比對BLAST。

      與國際上其它痘病毒相關數據庫相比,MPoxVR是猴痘病毒基因組及序列信息和分析工具的綜合專業庫,將促進猴痘病毒來源、傳播方式等相關研究,服務于疫情防控。

      該工作得到了中國科學院青年促進會項目的支持。

       MPoxVR數據庫序列地理分布和變異數分布 

      論文鏈接 

    附件下載:
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