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    北京基因組所(國家生物信息中心)發布DNA甲基化數據庫MethBank第四版

      MethBank是一個綜合性的DNA甲基化數據庫,自2014年上線以來,一直致力于整合多物種高質量的全基因組單堿基精度DNA甲基化數據,因其高質量的數據資源、直觀的可視化展示和友好的操作頁面被領域內科研人員廣泛使用。
      近日,中國科學院北京基因組研究所(國家生物信息中心)國家基因組科學數據中心開發的更新版DNA甲基化數據庫MethBank 4.0正式上線。該數據庫成果以 “MethBank 4.0: an updated database of DNA methylation across a variety of species”為題在國際學術期刊Nucleic Acids Research在線發表。
      MethBank 4.0數據庫應用標準化處理流程整合了來自1,449個樣本的高質量全基因組重亞硫酸鹽測序(WGBS)數據,涵蓋23個物種的236個組織/細胞系,涉及疾病、發育等15個生物學場景。利用高質量數據和標準化元數據,MethBank 4.0提供了多物種多層次的注釋信息,幫助用戶更系統、全面、直觀地了解DNA甲基化特征圖譜。此外,建立結構化審編模型和受控詞表,MethBank 4.0收錄了2010年以來發表的基于DNA甲基化測序數據研究獲得的生物學背景相關的特征甲基化基因(featured DMGs),涉及人和小鼠兩個物種的77個組織/細胞系、128種疾病和11種生物學場景,為用戶篩選潛在的表觀遺傳標記基因提供重要的知識信息。同時,MethBank 4.0還總結了已發布的501個甲基化分析工具,旨在幫助科研人員快速精準地選擇合適的甲基化分析工具。另外,為了幫助用戶開展數據分析,MethBank 4.0在原有提供差異甲基化啟動子區域分析工具IDMP以及年齡預測在線分析工具Age Predictor基礎上,增加了差異甲基化區域識別分析工具DMR Toolkit。
      MethBank 4.0具備界面友好的瀏覽、檢索、可視化等功能,提供DNA甲基化數據信息、知識信息和分析工具,為科研人員探索多種生物學場景下的DNA甲基化模式提供重要數據和信息資源。
      北京基因組研究所(國家生物信息中心)博士研究生張陌塵、宗文婷,高級工程師鄒東及碩士研究生王國梁為本文共同第一作者,李茹姣高級工程師、鮑一明研究員及章張研究員為共同通訊作者。該研究得到了中科院戰略性先導科技專項、國家重點研發計劃、中科院重點技術人才計劃等項目資助。
    MethBank 4.0數據庫首頁
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